Summer'16からLightning Experienceのホームのカスタマイズができるようになります。
他のページと同じでLightningアプリケーションビルダーをつかってカスタマイズします。
ホームページは複数作成してプロファイル毎に切り替えることも可能です。新しいホームのページを用意するときは設定→Lightningアプリケーションビルダーから作成できるようになっています。
好きなレイアウトにカスタマイズできます。
デフォルトで設定するかプロファイル毎に指定するか選択できます。
プロファイルの選択はこんな感じです。
割り当ての確認後に有効化して設定完了です。
これでホームページをカスタマイズできました。
プロファイル別の割り当て情報は設定のホームから確認できます。