Salesforceの標準カスタマイズの情報はForce.com CLIを利用すると簡単にエクスポートできます。オブジェクトやページレイアウト、カスタム表示ラベルなど、ほぼすべての情報を取得できるはずです。
force exportコマンドを実行するだけでエクスポートできますが、このときに、ページ、クラス、トリガ、静的リソースも一緒にエクスポートされます。ですが、ページやクラスなどはsrcフォルダ側で管理していることが多いと思います。このままだと２重でバージョン管理することになってしまうので、gitignoreで管理対象外にしてしまう方が良さそうかなと思いました。
最初、package.xmlで制御してしまおうかと考えたのですが、force exportコマンド実行時にはpackage.xmlの内容に関係無く全てのファイルがエクスポートされるみたいです。
この方法ではpagesフォルダやclassesフォルダのエクポート自体は行われてしまいますが、それでもGitリポジトリ側にコミットされることは無いので差分として扱われずに済むと思います。
これでページやクラスなどの開発コードはsrcフォルダ側でバージョン管理してそれ以外の標準カスタマイズ情報はmetadataフォルダで管理するという運用ができるとかなと思います。