ID検証方法がユーザに追加されたときの流れについて確認してみました。2要素認証有効化時の話です。次のように権限セットを用意してユーザに割り当てます。
以前試した時には気にしていなかったのですが、割り当てたタイミングでは特にメール通知等はありませんでした。対象ユーザがログインしたときに2要素認証の設定画面が表示される仕組みとなっているみたいです。(初回ログイン時は除く)
別の検証方法を選択リンクをクリックすることで、アプリ認証か確認コード認証かを選択できるようになっていました。
通知メールは届きませんでしたが、ログイン時に必ず目につくようにメッセージが表示される形となりました。またモバイルアプリを利用できない人のために認証コードを選択できるようにもなっています。
ID検証の利用状況はSummer'16からビューやレポート&ダッシュボードで確認できるようになったみたいです。