Spring'17へのバージョンアップによりAPI39.0から開発者コンソールで例外クラスを作成できるようになりました。
Apex開発をするときは基本SublimeText×MavensMateだったので、開発者コンソールからは例外クラスを作れないという事自体あまり気にしたことがなかったのですが、Spring'17からは作成できるようになりました。
実際にDev環境で試してみた所、エラーなく作成することができました。
ちょっと驚いたのですが、MyExceptionというクラス名で作成したところ、自動で例外クラスとして生成されました。末尾がExceptionの場合は例外クラスとして生成されるんだと思います。