Salesforceではカスタムリンクを作成することができますが、このカスタムリンクで外部URLを指定した場合、Salesforce Classicでは動作しますが、Lightning Experienceでは正しく遷移できない現象があるみたいです。
普段カスタムリンクで外部URLを指定する用途がなかったため、使い方を間違えたかなと思い、ヘルプのサンプルをコピーして試したのですがやはりダメでした。(URLFORなどの数式関数でも解決しませんでした。)
TrailBlazer Communityで知ったのですが、下記ナレッジが公開されているみたいです。
日本語に翻訳すると・・・特定の遷移先を指定すると警告ページが表示される仕様のようです。Webタブの場合は大丈夫。
Ideasサイトがあるので困る場合は投票しておくとよさそうです。