データローダで既存データの判定を行い新規または更新を切り分けて登録する場合は、外部ID項目を用意してUPSERT処理を行うことで対応可能です。ただし、自動採番項目はサポートされていないので注意してください。(数式項目も同様に対応外だったはず)
自動採番項目をキーにしたい場合は、Apexトリガ / ワークフロールール / プロセスビルダーなどをつかってデータ更新時にテキスト型の項目に値をセットするようにしておけば、自動採番の値と同じ値が保持されたテキスト型項目を用でき、外部キーとして利用できると思います。