Lightning Experienceのナビゲーションバーカスタマイズを無効にする方法についてです。ClassicでできてLightningでできなかった機能の１つにアプリケーションに表示するタブのカスタマイズがありました。Spring'18でLightning でも設定可能になりましたが、こうした機能をオフにすることもユーザインターフェイスの設定でできるようです。
まだ英語表記でしたが、『Disable Navigation Bar Personalization in Lightning Experience』で切り替えできるようです。
今後のリリースで各アプリケーション毎に切り替えができるようになるかもしれません。